Zgodnie z obecnie obowiązującym prawem, przede wszystkim ustawą o podatkach i opłatach lokalnych i ustawą o podatku dochodowym od osób prawnych, nie ma możliwości, aby znajdujące się w ewidencji środków trwałych budowle, od których dokonuje się odpisów amortyzacyjnych stanowiących koszt uzyskania przychodu w podatku dochodowym od osób prawnych miały inną wartość dla potrzeb tego podatku, a inną wartość (ustaloną przez rzeczoznawcę) dla potrzeb podatku od nieruchomości. Ustawodawca ustanawiając zasadę przyjęcia wartości budowli dla wymiaru podatku od nieruchomości według wartości przyjętych do amortyzacji środków trwałych nie mógł wprowadzić dualizmu ustalenia podstawy opodatkowania w postaci wartości budowli, inaczej dla potrzeb podatku dochodowego i inaczej dla potrzeb podatku od nieruchomości. Z tego względu uznać należy, że organ podatkowy właściwy co do podatku od nieruchomości może ustalić wartość rynkową budowli dla potrzeb tego podatku tylko i wyłącznie w sytuacji gdy podatnik nie określi wartości budowli :     a/ jeżeli od budowli lub ich części, nie dokonuje się odpisów amortyzacyjnych, art.4 ust.5 ustawy,  b/ jeżeli w przypadkach określonych w ust.5 (budowle od których nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych), po wykonaniu ulepszenia albo aktualizacji nie określił „nowej” wartości rynkowej ulepszonych lub aktualizowanych budowli,  c/  jeżeli podatnik nie określił wartości budowli, o których mowa w art.4 ust.1 pkt 3 ustawy. Zgodnie z art. 4 ust 1 pkt 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych podstawą opodatkowania dla budowli i ich części związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej, z zastrzeżeniem ust 4 i  5 jest  wartość , o której mowa w przepisach  o podatku dochodowym, ustalona na dzień 1 stycznia roku podatkowego, stanowiąca podstawę obliczania amortyzacji w tym roku, a w przypadku budowli całkowicie zamortyzowanych – ich wartość z dnia  1 stycznia roku, w którym dokonano ostatniego odpisu amortyzacyjnego.  Przy czym zgodnie z art. 4 ust 3 cyt. ustawy – jeżeli obowiązek podatkowy w zakresie podatku od nieruchomości powstał w ciągu roku podatkowego – podstawą opodatkowania jest wartość stanowiąca podstawę obliczania amortyzacji na dzień powstania obowiązku podatkowego. W art. 4 ust 5 ustawy ustawodawca wskazał, że jeżeli od budowli lub ich części, o których mowa w ust 1 pkt 3, nie dokonuje się odpisów amortyzacyjnych – podstawę opodatkowania stanowi ich wartość rynkowa określona przez podatnika. Natomiast w art. 4 ust 7 ustawy organ podatkowy – jeżeli podatnik nie określił wartości budowli o których mowa w ust 1 pkt 3 oraz w ust 5 lub podał wartość nie odpowiadającą wartości rynkowej- powoła biegłego, który ustali tą wartość. Zgodnie z zacytowanymi przepisami tylko i wyłącznie organ podatkowy może zlecić biegłemu wycenę wartości rynkowej budowli w wymienionych trzech  wypadkach: 1/ jeżeli podatnik nie określi wartości budowli, o których mowa w ust 1 pkt 3, 2/ jeżeli podatnik nie określi wartości rynkowej budowli, od których nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych, 3/ nie określi wartości rynkowej ulepszonych lub aktualizowanych budowli, od których nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych.  Na tle wykładni art.4 nie dochodzi i nie może dochodzić do konkurencyjności ustalania podstawy opodatkowani w ten sposób, że organ podatkowy nie kwestionuje ujęcia wartości budowli przyjętą w księgach podatkowych dla potrzeb dokonywania odpisów amortyzacyjnych w podatku dochodowym od osób prawnych a jednocześnie przypisuje sobie prawo ustalania podstawy opodatkowania przez ustalenie wartości tych samych budowli, ale już dla potrzeb podatku od nieruchomości. Normy art. 4 ust 1 pkt 1 i art. 4 ust. 5,6 i 7 wzajemnie się uzupełniają, co oznacza prawo do ustalania wartości rynkowej budowli wyłącznie w tych trzech wymienionych wypadkach, gdy ustawodawca wprowadza pojęcie wartości rynkowej. Norma art. 4 ust.1 pkt 3 ustawy pozostaje w stosunku nadrzędności do ust.5,6 i 7, ponieważ tylko i wyłącznie w przypadku, gdy podatek nie jest ustalany od wartości budowli ustalonej dla potrzeb podatku dochodowego następuje określenie wartości rynkowej budowli samodzielnie przez podatnika. Tam gdzie podatnik zgodnie z obowiązującymi przepisami podatku dochodowego od osób prawnych wprowadził środki trwałe do ewidencji i dokonuje od nich amortyzacji, to podstawa tej amortyzacji jest również podstawą do wyliczenia należnego budżetowi gminy podatku od nieruchomości. Natomiast gdy podatnik tego nie dokona, to znaczy nie ujawni środka trwałego w ewidencji lub nie określi wartości środka trwałego całkowicie zamortyzowanego (a więc takiego, od którego nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych, bo wartość dla potrzeb podatku dochodowego wynosi 0)  lub organ kwestionuje wycenę wartości rynkowej takich całkowicie zamortyzowanych, ulepszonych, aktualizowanych środków trwałych  – to organ podatkowy może zlecić dokonanie takiej wyceny przez biegłego (art.4 ust.5,6 i 7 ustawy). Tą część wywodów potwierdza analiza treści uzasadnienia decyzji kasacyjnej SKO w Olsztynie z dnia 30.05.2006r (w sprawie MSG v. Burmistrz m.Pisz, niepublikowana),w którym organ II instancji nie pozostawia wątpliwości, że zgodnie z przepisami art.16a – 16 m ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, skoro podatnik wprowadził środek trwały (budowlę) do ewidencji środków trwałych i od wartości tak wprowadzonego środka trwałego dokonuje odpisów amortyzacyjnych, to art.4 ust. 1 pkt 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych jest tylko bezpośrednim odesłaniem do ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i tylko od przyjętych w ewidencji środków trwałych wartości może być wyliczany podatek od nieruchomości (str.4 i 5 uzasadnienia).  Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Olsztynie zwróciło również uwagę organowi I instancji, że przepisy ustawy o podatkach i opłatach lokalnych nie regulują samodzielnie i w sposób kompletny zasad postępowania organu podatkowego w przypadku kwestionowania wartości budowli deklarowanych przez podatnika i  z pewnością zarówno normy dotyczące postępowania podatkowego zawarte w Ordynacji podatkowej jak również przepisy podatku dochodowego od osób prawnych mają znaczenie do wymiaru podatku od nieruchomości. Oznacza to, że organ podatkowy nie ma żadnego prawa badania wartości rynkowej budowli od jakich podatnik nalicza amortyzację, bo skoro budowle te w deklaracji podatku od nieruchomości ujawnił, to w tym zakresie podstawą opodatkowania jest wartość przyjęta do amortyzacji (art. 4 ust 1 pkt 3 ustawy). Organ może jedynie kwestionować wartość rynkową środków trwałych podaną (określoną) przez podatnika, co do których nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych (art. 4 ust 7 w związku z art. 4 ust 5 ustawy). Jedynie więc, w zakresie podstawy opodatkowania środków trwałych, od których podatnik nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych, a których wartość rynkową podał (określił), organ podatkowy może powołać biegłego dla określenia wartości rynkowej. Zgodnie z art. 4 ust 1 pkt 3 ustawy z dnia 31.10.2001 r. o podatkach i opłatach lokalnych, podstawę opodatkowania stanowi dla budowli lub ich części zawiązanych z prowadzeniem działalności gospodarczej „(…) wartość, o której mowa w przepisach o podatku dochodowym, ustalona na dzień 1 stycznia roku podatkowego, stanowiąca podstawę obliczenia amortyzacji w tym roku, nie pomniejszona o odpisy amortyzacyjne, a w przypadku budowli całkowicie zamortyzowanych – ich wartość z dnia 1 stycznia roku, w którym dokonano ostatniego odpisu amortyzacyjnego.” Z zacytowanego przepisu ustawy wynika, że podstawa opodatkowania budowli jest tożsama z podstawy amortyzacji środków trwałych, o których mowa w przepisach o podatku dochodowym. Tak więc, podatnik przede wszystkim zobowiązany jest prowadzić ewidencję środków trwałych dla potrzeb dokonania odpisów amortyzacyjnych w podatku dochodowym od osób prawnych, a dopiero tak prowadzona ewidencja (dla potrzeb podatku dochodowego) służy do określenia podstawy opodatkowania budowli w podatku od nieruchomości. Skoro zatem ewidencja środków trwałych z istoty swojej służy jako urządzenie księgowe do określenia podstawy opodatkowania w podatku dochodowym, a nie w podatku od nieruchomości i ustawa o podatku dochodowym reguluje sposób prowadzenia ewidencji oraz ujmowanie wartości początkowej środków trwałych, to na gruncie tej ustawy należy dokonać kontroli ksiąg podatkowych podatnika i w każdym razie do kontroli tych ksiąg uprawnione są organy podatkowe kontrolujące zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym. Tak więc organ nieuprawniony do kontroli zobowiązania w podatku dochodowym nie może określać czy księgi podatkowe prowadzone dla potrzeb podatku dochodowego zgodnie z przepisami o podatku dochodowego osób prawnych są prowadzone rzetelnie i prawidłowo. Zasada pewności prawa przesądza, że skoro ewidencja środków trwałych służy jako urządzenie do określenia podatku dochodowego oraz jest prowadzona w oparciu o przepisy podatku dochodowego to dopóty organy uprawnione do kwestionowania tych urządzeń na gruncie podatku dochodowego od osób prawnych, nie stwierdzą nierzetelności lub nieprawidłowości w takiej księdze, to organ podatkowy w właściwy dla podatku od nieruchomości nie może się na taką nierzetelność skutecznie powołać. Zgodnie z art. 16 g ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w brzmieniu obowiązującym od 1.01.2003 r. za wartość początkową środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych „(…) uważa się w razie nabycia w postaci wkładu niepieniężnego (aportu) wniesionego do spółki kapitałowej, a także udziału w spółdzielni – ustaloną przez podatnika na dzień wniesienia wkładu lub udziału wartość poszczególnych środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych, nie wyższą jednak od ich wartości rynkowej”. Tak więc, zgodnie z zacytowanymi przepisami, to do podatnika, a nie organu należy ustalenie wartości poszczególnych środków trwałych (w tym budowli), przy czym wartość ta nie może być wyższa niż wartość rynkowa. Podatnik dla określenia wartości rynkowej budowli trwale nieczynnych i całkowicie umorzonych (gazociągów, stacji redukcyjnych itp.) może powołać biegłego, który określi wartość rynkową tej części aportu na dzień jego wniesienia. Wartość pozostałych środków trwałych (w tym budowli), przyjmuje się według wartości netto tych środków. Wartość ta nigdy nie była kwestionowana przez organy podatkowe uprawnione do kontroli zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych i od wartości tej podatnik dokonuje odpisów amortyzacyjnych stanowiących koszt uzyskania przychodu w rozumieniu ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych. Ustawodawca w art.16g ust. 1 pkt 4 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych określił jedynie górna granicę ustalenia wartości początkowej środków trwałych i jest nią wartość rynkowa. Oznacza to na gruncie cytowanej ustawy, że organ podatkowy może kwestionować tylko i wyłącznie sytuację, w której podatnik ustali wartość początkową środków trwałych wyższa niż wartość rynkowa. Sytuacja odwrotna jest podatkowo neutralna, to znaczy za prawidłową wartość początkową środków trwałych uznać należy wartość niższą niż wartość rynkową. Na marginesie należy wspomnieć, że w interesie podatnika jest wprowadzenie najwyższej prawnie dopuszczalnej wartości początkowej środków trwałych albowiem im ta wartość jest wyższa tym odpisy amortyzacyjne obciążające koszty uzyskania przychodów są wyższa, co powoduje obniżenie ciężaru podatkowego.  Zgodnie z art. 193 ustawy Ordynacja podatkowa, księgi podatkowe prowadzona rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisach (§1), a jeżeli organ podatkowy stwierdzi że księgi są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy, to w protokole badania ksiąg określa za jaki okres i w jakiej części nie uznaje się ksiąg za dowód, tego co wynika z zapisów w nich zawartych.