Status nieruchomości portowej Skarbu Państwa powoduje ograniczenia w zakresie obrotu, wynikające również przepisów ustawy z dnia 20.12.1996r. o portach i przystaniach morskich (wielokrotnie nowelizowanej). Poza ograniczeniami dotyczącymi obrotu nieruchomościami portowymi pomiędzy podmiotami innymi niż Skarb Państwa (przede wszystkim zgoda Ministra Skarbu Państwa na przeniesienie własności i użytkowania wieczystego i prawa pierwokupu dla Skarbu Państwa lub podmiotu zarządzającego), ustawa wprowadza ograniczenie w zakresie czynności rozporządzających nieruchomościami portowymi przez sam Skarb Państwa. Jeżeli w zasobach Skarbu Państwa znajdują się nieruchomości portowe nieoddanie w użytkowanie wieczyste, wówczas właściwy wojewoda, na wniosek Ministra Skarbu Państwa, wniesie takie grunty do spółek będących podmiotami zarządzającymi portami o podstawowym znaczeniu dla gospodarki narodowe celem pokrycia co najmniej 51% akcji tych spółek obejmowanych przez Skarb Państwa (art.15 ustawy o portach i przystaniach morskich). Drugie ograniczenie odnosi się do gminy Gdańsk. Właściwy wojewoda przekaże nieodpłatnie nieruchomości portowe Skarbu Państwa, nieoddanie w użytkowanie wieczyste, na własność gminom celem pokrycia co najmniej 34% akcji gminy w ZMPG S.A., jeżeli nieruchomości portowe stanowiące mienie komunalne nie wystarczą na uzupełnienie pokrycie (art.16 ust.1 ustawy o portach i przystaniach morskich). Gmina Gdańsk zobowiązana jest do wniesienia tych nieruchomości do spółki będącej podmiotem zarządzającym. Przekazaniu, o którym mowa w art.15 i  art.16 ust.1 ustawy o portach i przystaniach morskich nie podlegają tylko grunty będące w zarządzie państwowych jednostek organizacyjnych nieposiadających osobowości prawnej (art.17 ustawy).

Nawet jeśli uznać, że powołane wyżej ograniczenia związane są tylko z tworzeniem spółek zarządzających portami o podstawowym znaczeniu dla gospodarki narodowej, w konsekwencji mogą na obszarach portów znajdować się nieruchomości Skarbu Państwa, które nie zostały wniesione do podmiotu zarządzającego celem pokrycia akcji Skarbu Państwa lub gminy, to nie można pominąć treści przepisu art.15 zdanie drugie ustawy o portach i przystaniach morskich. Grunty, które nie zostaną wniesione do spółek zarządzających portami o podstawowym znaczeniu dla gospodarki narodowej, właściwy wojewoda przekaże, w drodze umowy, nieodpłatnie spółkom zarządzającym portami o podstawowym znaczeniu dla gospodarki narodowej w nieodpłatne użytkowanie, które jest ograniczonym prawem rzeczowy, skutecznym wobec każdoczesnego właściciela nieruchomości.

Przedmiotowa nieruchomość, o ile nie została wniesiona do ZMPG S.A. na pokrycie akcji (ta okoliczność nie musi być ujawniona w księdze wieczystej, ponieważ do przeniesienia własności nie jest konieczny wpis do księgi wieczystej), może być również przedmiotem umowy o nieodpłatne użytkowanie zawartej pomiędzy wojewodą pomorskim i ZMPG S.A. Wydaje się, biorąc pod uwagę bezwzględnie obowiązujący charakter przepisu art.15 zdanie drugie ustawy o portach i przystaniach morskich, wojewoda, nawet jeśli faktycznie tego nie zrobił, jest do tego ustawowo zobowiązany.

Obie możliwości (przede wszystkim fakt istnienia lub nie umowy użytkowania- w przypadku istnienia użytkowania należałoby uwzględnić, w razie skutecznego nabycia nieruchomości, konieczność zrzeczenia się tego prawa, w trybie art.246 par.1 kc, przez podmiot zarządzający) powinny zostać zweryfikowane  u wojewody pomorskiego. Podtrzymując wątpliwości wynikające z treści przepisu art.15 i art.16 ust.1 ustawy o portach i przystaniach morskich, należy stwierdzić, że ustawa nie wyłącza możliwości obrotu nieruchomościami portowymi Skarbu Państwa z udziałem podmiotów innych niż spółka zarządzająca, ponieważ taka możliwość jest wyraźnie przewidziana w przepisie art.3 ust.1, który stwierdza, że przeniesienie własności, użytkowania wieczystego albo oddanie w użytkowanie wieczyste nieruchomości, stanowiącej własność Skarbu Państwa, jednostki samorządu terytorialnego lub podmiotu zarządzającego, wymaga zgody ministra właściwego do spraw Skarbu Państwa. Przepis ten wyraźnie dopuszcza możliwość każdej formy obrotu (sformułowanie „przeniesienie” pozwala odwołać się do treści przepisu art.155 par.1 kc, który wymienia umowę sprzedaży, zamiany darowizny lub inną umowę zobowiązującą do przeniesienia własności) nieruchomościami portowymi Skarbu Państwa z udziałem Skarbu Państwa i podmiotów innych niż podmiot zarządzający. Nie wprowadza również ograniczeń podmiotowych.